Nguồn gốc và chất lượng của các móc nối

Theo cơ quan điều tra, nguyên nhân gây ra vụ tai nạn tàu E1 là "chạy quá tốc độ quy định".[38][39] Tuy nhiên, theo quan sát của phóng viên báo VnExpress từ hiện trường vụ tai nạn, hai móc nối số 3 và số 4 đã bị vỡ, làm lộ ra một khoảng khuyết và một dấu vết của mối hàn.[37] Theo ông Lại Anh Vũ, Phó Giám đốc Công ty Xe lửa Gia Lâm, toa xe xuất xưởng vào năm 2002 và từng được đưa sang Xí nghiệp Sửa chữa toa xe Hà Nội, thuộc Công ty Vận tải hành khách đường sắt Hà Nội để sửa chữa. Cũng theo ông, việc hàn như vậy trong quá trình sửa chữa là "bình thường".[40] Trưởng Phòng Đường sắt Cục Đăng kiểm Việt Nam Nguyễn Xuân Sinh cho rằng khoảng khuyết trên hai móc nối là do thiết kế ban đầu mang cấu trúc rỗng.[41]

Theo ông Nguyễn Văn Cờ, quá trình bàn giao sau khi sửa chữa đã có chứng nhận và văn bản kiểm định bằng điện từ cho kết quả đạt yêu cầu chất lượng. Ông cho rằng nguyên nhân xảy ra đứt mối hàn là chạy quá tốc độ khi vào đường cong, tạo ra lực ly tâm lớn làm vỡ những vị trí chịu tác động mạnh.[42] Tuy nhiên, Kỹ sư Nguyễn Lập An cho rằng trong quá trình vận hành, tàu chịu tác dụng của 2 loại lực là lực kéo của đoàn tàu và lực cản trọng lượng, nhưng khi vào đường cong, tàu chịu thêm 2 lực tác động ngược chiều nhau gồm lực ly tâm (đẩy các toa ra ngoài đường cong) và một lực khác giữ đoàn tàu nằm trong đường cong. Khi tàu tăng tốc, lực giữ các toa nằm trong đường cong có xu hướng mạnh hơn. Do đó, nếu đầu móc không gãy thì tàu sẽ đổ vào triền núi thay vì xuống phía vịnh biển.[43]

Trong phiên tòa sơ thẩm vụ án "Vi phạm các quy định về điều khiển phương tiện vận tải giao thông đường sắt" diễn ra cuối tháng 4 năm 2006, hai luật sư Tôn Nữ Thu Hà và Vĩnh Thái đã đặt nghi vấn về chất lượng của đầu đấm móc nối toa số 3 và số 4 của tàu E1, cũng như quá trình giám định của Viện Khoa học hình sự, Bộ Công an. Giám định viên Hà Văn San thừa nhận Viện chỉ giám định một phần lưỡi móc thay vì toàn bộ đầu đấm móc, và việc giám định như vậy là do Công an tỉnh Thừa Thiên Huế yêu cầu. Phía Tổng công ty Đường sắt Việt Nam tiết lộ nguồn gốc của chiếc đầm móc nối là từ Trung Quốc, nhưng theo hồ sơ lấy từ chính đơn vị này thì nó được nhập từ Ấn Độ.[44][45]

Cơ sở vật chất

Theo đại diện Công ty Quản lý đường sắt Bình Trị Thiên, vài tháng trước khi xảy ra vụ tai nạn, công ty đã có 4 lần sửa chữa đoạn đường sắt từ ga Thừa Lưu đến Lăng Cô, trong đó có 1 km đường ray đang được sửa chữa. Ngoài ra, tại thời điểm xảy ra tai nạn vẫn còn 8 điểm sửa chữa.[46] Ngoài ra, hạ tầng đường sắt cơ bản vẫn từ thời Pháp thuộc, với nhiều điểm yếu, hiểm trở và chưa được nâng cấp.[47]

Việc rút ngắn hành trình tàu Bắc – Nam

Theo Cục trưởng Cục Đường sắt Việt Nam Vũ Xuân Hồng, việc Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam rút ngắn hành trình chạy tàu Bắc – Nam xuống 29 giờ là hoàn toàn "chưa được phê duyệt". Cũng theo ông này, tính đến thời điểm xảy ra tai nạn, chưa có đề án chính thức nào được gửi.[48][49] Một số cán bộ của Xí nghiệp Đầu máy Hà Nội tỏ ra "bức xúc" trước công văn 156, cho rằng đó là nguyên nhân ép buộc các lái tàu phải tăng tốc để kịp giờ. Còn ông Vũ Văn Đóa, Giám đốc Xí nghiệp Đầu máy Hà Nội thì khẳng định khoảng thời gian chạy tàu đã được xí nghiệp "tính toán kĩ và đủ", do đó các lái tàu không cần thiết phải tăng tốc để đủ thời gian quy định.[50]